Disciplinární komise je jedním z orgánů fakulty, jejíž složení na základě návrhu děkana schvaluje Akademický senát FZT JU v Českých Budějovicích. Předseda i členové komise jmenovaní děkanem jsou členy akademické obce fakulty. Komise je minimálně čtyřčlenná a její funkční období je dvouleté. Disciplinární komise řeší disciplinární přestupky studentů Fakulty zemědělské a technologické Jihočeské univerzity, spojené s porušením povinností stanovených zákonem č. 111/1998 Sb. o vysokých školách, nebo vnitřními předpisy fakulty a univerzity, nebo zaviněné porušením povinností podle jiných právních předpisů. Disciplinární komise se řídí Disciplinárním řádem pro studenty FZT JU v Českých Budějovicích č. j. 01/0511/17.