Spolupráce s praxí je na JU rozvíjena konkrétně podle typu studijních programů (profesně, resp. akademicky orientované), mnohem větší důraz na spolupráci s praxí při uskutečňování studijních programů je kladen na profesně pojaté programy. Konkrétně FZT JU spolupracuje s řadou podniků působících v oblasti zemědělství a blízkých oborech, z nichž je možno uvést například následující:
AGROZET České Budějovice, a.s.,
AGROSOFT Tábor, s.r.o.,
Möller, s.r.o.,
ISOTHERM s.r.o.,
Jaderná elektrárna Temelín,
Lyckeby Amylex a.s.,
Hemp Production s.r.o.,
EGT System spol. s r.o.,
Farmtec, a.s.,
CBS genetics s.r.o.,
Moravoseed,
Oseva Seeds,
DSV Lippstadt a další.
dále zemědělská družstva:
ZD Krásná Hora, a.s.,
ZD Opařany,
AGRA Březnice a.s.,
ZD Pluhův Žďár,
Zemědělské služby Dynín, a.s. a další.
S řadou těchto podniků realizuje FZT JU společné vědecko-výzkumné projekty, které byly také podpořeny z různých grantových programů a ve kterých mají podniky nemalou finančních spoluúčast na úhradě uznatelných nákladů. Důležitou kapitolou je pak vedlejší hospodářská činnost, v rámci které si podniky zadávají u FZT JU konkrétní zakázky (analýzy, rozbory, specializovaná měření, atp.), které jsou často také podporovány z různých dotačních titulů (např. inovační vouchery Jihočeského kraje, programy OP PIK Ministerstva průmyslu a obchodu atp.). Zástupci podniků jsou zváni do komisí pro SZZ, často jsou oponenty kvalifikačních prací, podílejí se na výuce formou přednášek nebo materiálně – zapůjčením biologických vzorků, zemědělské techniky, jsou členy Rady garanta studijního programu atp. Studenti mohou ve vybraných výše uvedených podnicích konat studentské praxe.
Podobně, jako je tomu u spolupráce s podniky, je i spolupráce s profesními komorami, oborovými sdruženími, svazy a dalšími organizacemi pro FZT JU samozřejmostí. Klíčovými partnery jsou například:
Ministerstvo zemědělství ČR,
Ministerstvo životního prostředí,
krajské a okresní úřady,
Česká inspekce životního prostředí,
Svaz chovatelů prasat v Čechách a na Moravě,
Svaz chovatelů drůbeže České republiky,
zoologické zahrady v ČR i zahraničí,
ústavy Akademie věd ČR,
Potravinářská komora České republiky,
Česká technologická platforma pro potraviny,
Českomoravský svaz mlékárenský,
Společnost pro výživu,
regionální potravinářský klastr „Chutná hezky. Jihočesky“,
Asociace svazů chovatelů koní České republiky, z.s.,
Jihočeský chovatel a.s.,
Česká řepka a další.
Zástupci těchto organizací jsou – podobně, jako zástupci podniků – členy komisí pro SZZ, oponenty kvalifikačních prací nebo členy Rady studijního programu. Obvykle se účastní společenských akcí pořádaných fakultou. FZT JU považuje tuto spolupráci za velmi přínosnou a důležitou a i v budoucnu jí bude věnovat náležitou pozornost.
