• AGROZET České Budějovice, a.s.,
• AGROSOFT Tábor, s.r.o.,
• Möller, s.r.o.,
• ISOTHERM s.r.o.,
• Jaderná elektrárna Temelín,
• Lyckeby Amylex a.s.,
• Hemp Production s.r.o.,
• EGT System spol. s r.o.,
• Farmtec, a.s.,
• CBS genetics s.r.o.,
• Moravoseed,
• Oseva Seeds,
• DSV Lippstadt a další.

dále zemědělská družstva:

• ZD Krásná Hora, a.s.,
• ZD Opařany,
• AGRA Březnice a.s.,
• ZD Pluhův Žďár,
• Zemědělské služby Dynín, a.s. a další.

S řadou těchto podniků realizuje FZT JU společné vědecko-výzkumné projekty, které byly také podpořeny z různých grantových programů a ve kterých mají podniky nemalou finančních spoluúčast na úhradě uznatelných nákladů. Důležitou kapitolou je pak vedlejší hospodářská činnost, v rámci které si podniky zadávají u FZT JU konkrétní zakázky (analýzy, rozbory, specializovaná měření, atp.), které jsou často také podporovány z různých dotačních titulů (např. inovační vouchery Jihočeského kraje, programy OP PIK Ministerstva průmyslu a obchodu atp.). Zástupci podniků jsou zváni do komisí pro SZZ, často jsou oponenty kvalifikačních prací, podílejí se na výuce formou přednášek nebo materiálně – zapůjčením biologických vzorků, zemědělské techniky, jsou členy Rady garanta studijního programu atp. Studenti mohou ve vybraných výše uvedených podnicích konat studentské praxe.

Podobně, jako je tomu u spolupráce s podniky, je i spolupráce s profesními komorami, oborovými sdruženími, svazy a dalšími organizacemi pro FZT JU samozřejmostí. Klíčovými partnery jsou například:

• Ministerstvo zemědělství ČR,
• Ministerstvo životního prostředí,
• krajské a okresní úřady,
• Česká inspekce životního prostředí,
• Svaz chovatelů prasat v Čechách a na Moravě,
• Svaz chovatelů drůbeže České republiky,
• zoologické zahrady v ČR i zahraničí,
• ústavy Akademie věd ČR,
• Potravinářská komora České republiky,
• Česká technologická platforma pro potraviny,
• Českomoravský svaz mlékárenský,
• Společnost pro výživu,
• regionální potravinářský klastr „Chutná hezky. Jihočesky“,
• Asociace svazů chovatelů koní České republiky, z.s.,
• Jihočeský chovatel a.s.,
• Česká řepka a další.

Zástupci těchto organizací jsou – podobně, jako zástupci podniků – členy komisí pro SZZ, oponenty kvalifikačních prací nebo členy Rady studijního programu. Obvykle se účastní společenských akcí pořádaných fakultou. FZT JU považuje tuto spolupráci za velmi přínosnou a důležitou a i v budoucnu jí bude věnovat náležitou pozornost.