FZT JU průběžně rozšiřuje síť spolupracujících partnerských univerzit jak na úrovni Evropské unie, tak celého světa. Cílem zahraničního oddělení je získávat partnerská pracoviště pro aktivní spolupráci v oblastech výměn studentů a akademických pracovníků a potenciálu pro řešení společných vzdělávacích a výzkumných projektů.

V rámci Evropské unie jsou k podpoře výjezdů využívány mobilitní programy jako je ERASMUS+ a středoevropská iniciativa CEEPUS. Pro výjezdy do zemí mimo unii využíváme institucionální prostředky získané pomocí Útvaru zahraničních vztahů Jihočeské univerzity nebo projektů tzv. kreditových mobilit v rámci programu ERASMUS+.

Na rozvoji mezinárodní spolupráce se podílejí také jednotlivé katedry prostřednictvím pedagogických výměn a mezinárodních výzkumných projektů se zahraničními partnery, realizovaných v oblastech udržitelného zemědělského hospodaření, zemědělských a potravinářských biotechnologií, využití informačních technologií v zemědělské technice aj.

Fakulta patří mezi vyhledávané partnery pro výzkum v oblasti jak klasického zemědělství, potravinářství, agroekologie, zemědělské chemie, managementu zemědělské krajiny tak i moderních trendů v oboru, které lze shrnout pod pojem tzv. zemědělství a technologie 4.0.

Studentům také nabízíme absolvování studia v magisterském studijním programu Multifunctional Agriculture v anglickém jazyce. Tento studijní program je pak základem pro přijímání zahraničních studentů na semestrální výměny. Samozřejmostí je možnost doktorského studia v angličtině.