Fakulta zemědělská a technologická JU intenzivně spolupracuje s podnikatelským sektorem. Spolupráce umožňuje fakultě zapojení se do aplikovaného výzkumu s výrazným přínosem pro společnost. Ze spolupráce mohou těžit také studenti fakulty nejenom tím, že se mohou zapojit do výzkumu, ale také zkvalitňováním výuky. Do výuky se zapojují odborníci z praxe, kteří přinášejí aktuální poznatky z dané problematiky, ale společnosti také zapůjčují nebo darují nejmodernější stroje, vybavení nebo hospodářská zvířata.
Výsledkem spolupráce fakulty se společnostmi GMP s.r.o. z Českých Budějovic a Prima Agri PT a.s. z Prachatic je sponzorský dar ve formě hospodářských zvířat (dvě krávy a jeden býček). Dojde tak ke zkvalitnění výuky zejména v zootechnických oborech, kdy se studenti v rámci výuky prakticky seznámí s péčí o tato zvířata. Krávy a býček jsou již zabydlené v prostorech Účelového zařízení FZT JU a dostává se jim náležité péče.